車検の料金については、本当に悩みが多いです。
１ｔ未満であれば、89000円という価格が交換部品を含め妥当なラインと考えます。
1000ccの車・先にも回答がされたように自賠責保険、重量税は変わりません。
重要な問題はどこの部品を修理・交換をするのかでしょう。 走行距離が10万kmになってくると
タイミングベルト交換・マフラーに異音があれば修理＆交換
足回りのブーツ交換
ブレーキパット交換
オイル交換・（3000〜5000km毎）、エンジンオイルエレメント交換（10000km毎）
ディーラーにしてもスタンドにしてもさまざなの交換品があると
儲かりますので色々作業をやりたいのです。
自分で見積もりしてもらい、どうして修理・交換が必要なのか聞くのも大切だと思いますよ。